Lucca era stata conquistata senza troppep erdite, l'esercito del Console Giunigi non aveva opposto particolare resistenza e non c'erano stati particolari problemi.
I problemi, però, arrivarono nella vita di Broccardo Bonati tutti insieme come un fiume in piena e questi i problemi erano fatti di malati, di un'epidemia che stava devastando i territori di Firenze e di Lucca e di ogni suo abitante, console compreso.
Pur limitando sensisbilmetne le proprio uscite in pubblico il Bonati non si fermò nemmeno un attimo, sacrificando il proprio corpo e la propria salute ma continuando in maniera continua all'opera di risanamento e di cura dalla mal'aria.
Accordi internazionali vennere stretti e ben presto in quei territori arrivarono Medici e uomini di scienza dai più disparati angoli del mondo, nuovi e vecchi amici si erano stretti intorno al dramma di Broccardo Bonati e dietro la loro guida Firenze vide le più grandi opere che la sua recente storia ricordi.
Le città furono poste in quarantena, i commerci vennero fermati del tutto per evitare che l'epidemia si diffondesse per tutto il territorio italico. Chi avesse assoluta necessità di abbandonare i territori toscani venne sottoposto a feree visite per accertarne lo stato di salute.
I terreni nelle provincie vennero Bonificati attentamente dai migliori tecnici dei Comuni.
Lazzaretti vennero costruiti fuori dalle mura cittadine, uno per Lucca e uno per Firenze.Ogni sospetto di contagio venne portato in questi luoghi ed analizzato dai Medici Salernitani e da tutti gli altri eminenti dottori stranieri.
Un grande ospedale vide la luce in poco tempo a Firenze, all'interno di quelle mura i membri dell'Arte dei Medici e degli Speziali cercarono una cura per la Malaria.
In questo biennio non vi fu alcun discorso pubblico da parte del console che non mancò di far sentire la propria voce attraverso una lettera a tutta la popolazione dei Comuni di Firenze e di Lucca.
"Popolo di Firenze, Popolo di Lucca,
Quello che stiamo vivendo è un periodo particolarmente delicato. La situazione è grave e non sarà il vostro Console a nasconderlo, abbiamo però un'unica speranza di riuscire a superare questa situazione e questa speranza si chiama coesione.
Tutti siamo toccati da questa tragica sorte, le mie carni sono malate e ma non è della mia vita che mi preoccupo quanto di quella di mio Figlio, del mio unico Figlio, mi preoccupo per la vita di Pietro Adimari e della sua dolce moglie che a Lucca tanto hanno sofferto insieme alla popolazione e sono preoccupato per ogni figlio che in questo momento sta soffrendo, per ogni madre che non può occuparsi dei suoi figli, per ogni marito che deve allontanarsi dalla propria moglie.
In questa tragedia, però, non siamo soli. Ho riscoperto il valore di vecchie amicizie e la gioia di nuove, grandi uomini di Stato ci hanno mandato i loro maggiori esperti affinchè questa malattia venga debellata dalle nostre terre, dalle nostre carni, dalle nostre anime. Noi, uomini di Toscana, dobbiamo rimanere uniti ed ascoltare le saggie parole di questi saggi uomini e attenerci alle loro indicazioni, non ve lo chiedo come Console, ve lo chiedo come Padre.
L'ospedale che sta sorgendo qui, a pochi passi dalla mia abitazione, vede impegnati i migliori uomini di Firenze alla ricerca di una cura e sono sicuro che presto qualcuno busserà alla mia porta con una lieta novella, una novella che sarà lieta per tutti quanti noi. Non ho intenzione di favorire me stesso quando questo momento sarà giunto ma ad ognuno di voi chiedo di far si che Durante, il mio unico figlio sia tra i primi a ricevere la cura; così come ogni vostro Figlio.
Ha un senso che i figli seppeliscano i padri ma è contro ogni volere Divino, contro ogni senso logico e contro natura che i Padri seppeliscano i figli e ancora una volta umilmente vi chiedo di accettare di buon grado, con coesione massima, questa mia decisione.
Per quanto mi riguarda, sarò l'ultimo a ricevere la cura, non accetterò di essere curato finchè ogni abitante di Lucca o di Firenze non sia considerato salvo e se il Buon Dio avrà considerato degne le mie opere in Terra mi permetterà di continuare e di veder nascere la Repubblica di Toscana insieme a voi, Fratelli Lucchesi e ai Fratelli Pisani altrimenti spero che chi mi succederà abbia a cuore la sorte della Toscana come l'ho avuta io.
Console di Firenze e Lucca, padre,marito,fratello,figlio di Dio.
Broccardo Bonati"
